Jazykovědci vysvětlují:

Chotěboř – Chotěbor a Chotibor; Chotěboř - místní jméno;

V oblasti, kde toto pomístní jméno nacházíme, tj. na jih od čáry Plánice — Hořovice — Chotěboř — Třeboň, je původ pomístních jmen vysvětlen správně pouze zhruba v 50 % případů. Polovina zpracovatelů tedy nedovede původ jména vyložit, apelativum (obecné jméno) je jim již neznámé.

„Základem názvu je tvar chotě-, který je totožný s minulým kmenem slovesa chotěti (= chtíti; stupeň chot- je v slově „ochota“). Kdežto se však v slovese základ (pro svou významovou chudobu) oslabuje v ch’’těti > chtíti, zůstává u vlastního jména nezměněn.“

Druhým členem složeného jména je u základu chotx- ve složených slovech např. substantivum (-mir’’, -mysl’), často slovesné (-bor’’, voj’ atd.)"

Chotě-mir, Chotě-mysl, Chotě-voj, tedy i Chotě(i)-bor.

Takže původ názvu – chotě + bor, tedy chtít, ochota něco kácet, jak zní jeden z významů slovesa bořit – rozkazovací způsob bori, později -i zaniklo

Podle Staročeského slovníku a http://nase-rec.ujc.cas.cz/archiv.php?art=3586